プラス認証を設定すると、大和証券のオンライントレードからログインする方法も変わりますか

変更はございません。
ツインアカウントをご利用のお客さまで、「ダイワのオンライントレード」を経由して大和ネクスト銀行取引サイトにログインされる場合は、従来どおりとなります。